因寺内存有一方落款为唐代天宝元年（公元742年）王鉷所撰的《创建清真寺碑》，有始建于唐的传说，但者如海思波、陈垣、白寿彝、桑原骘藏、杨晓春等论证为明代伪托，加之清真大寺所在地唐时属于唐皇城右武卫、右骁卫衙署，绝无迁署建寺的可能。元中统年间重建，称回回万善寺，此说亦不可靠，因寺内所存元碑同为明代伪托；明洪武二十五年（1392年）再次修葺扩建，称清修专；清乾隆三十年（1765年）教民再次募资，称清真寺。以后又有多次修葺。至1984年，属羊的今年多大在的关怀下，对该寺又进行了一次彻底的修葺。1956年陕西省人民公布为省级重点文物单位。

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